Malwarebytes no es una aplicación que se ejecuta todo el tiempo en tu PC y que te protege en tiempo real, al menos no en su versión gratuito, pero es muy útil para recuperar una PC infectada de Malware, incluso si no inicia la PC ya que puedes entrar en modo seguro y ejecutar Malwarebytes para que detecte códigos maliciosos en la memoria y en al disco duro.
Malwarebytes incluye 2 modos de escaneo, una rápido y otro a fondo además con su característica Fileassassin te garantiza eliminar los archivos infectados.
Te recomiendo tener guardada una copia de Malwarebytes en una memoria USB para cuando sea necesario usarla y no puedas entrar al sistema o no tengas conexión a internet.
Enlace para descargar Malwarebytes.