Se nos ha presentado en una BD que al hacer importaciones automaticamente se nos crean duplicados, para poder eliminarlos hago lo siguiente.
Me creo una tabla temporal y solamente agrupando por el id que no debe repetirse.
CREATE TABLE table_tmp AS SELECT * FROM tabla GROUP BY (id);
Luego borramos la tabla original la cual tenemos duplicada pero sin registros coincidentes y renombramos la temporal para que sea la tabla buena.
DROP TABLE table_tmp;
RENAME TABLE table_tmp TO table;
Espero que os sirva de ayuda
Posdata una ves hecho debereis restaurar la clave primaria si la teneis
Buscare un metodo mejor :)