El motivo es que ha detectado que existen dos discos con el mismo identificador (el original y la copia).
Si alguna vez te ocurre lo mismo, la solución es tan sencilla como decirle a VirtualBox que cree un identificador nuevo para el disco que acabas de crear.
En la ventana de Consola (Aplicaciones > Accesorios > Terminal) y dirígete al directorio donde tienes los discos duros virtuales para VirtualBox.
cd ~/.VirtualBox/HardDisks
Ahora ejecutamos:
VBoxManage internalcommands setvdiuuid "nombrediscovirtual.vdi"
Después de esto, ya puedes crear una nueva máquina, que utilice el disco duro virtual que has duplicado, y tendrás un clon perfecto de la máquina original.
Via: Slice of Linux