Formatear un disco en el formato de archivos NTFS desde linux es tan facil como instalar la siguiente aplicación de los repositorios:
sudo apt-get install ntfsprogs
Y una vez instalada vemos el nombre del disco que queremos formatear.
sudo fdisk -l
(Cuidado de no equivocarse al elegir la partición)
Y ya por último lanzar desde consola:
mkfs.ntfs /dev/tu_unidad => Por Ejemplo => mkfs.ntfs /dev/sda1
Y listo!
P.D: mkfs soporta multitud de formatos: mkfs.ext2 , mkfs.ext3 , mkfs.ext4, mkfs.vfat… por nombrar alguno.
Fuente: Desarrollo Linux y Software Libre