Primero desde la herramineta de Virtualbox puedes convertir los dicos a RAW que es formato fisico y es cuando te ocupa toda la capacidad del disco.
# VBoxManage clonehd –format RAW windows2003.vdi windows2003.img
Para pasarlo a dinamico solo tienes que pasar de formato RAW a formato QCOW2 que es el formato de kvm dinamico
# qemu-img convert -f raw windows2003.img -O qcow2 windows2003-clon.img
Si tenemos la suerte de tener vditool
vditool COPYDD vbox-image.vdi raw-image.img
qemu-img convert -f raw raw-image.img -O qcow2 qemu-image.qcow
Yo finalmente tuve que instalar virtualbox por que no encontre la forma de tener vboxmanage solamente. Seguire intentando.